推薦意見1：

實時熒光PCR包括單靶標(biāo)或多靶標(biāo)呼吸道病原體核酸檢測，可作為核酸即時檢測法的參考方法，主要適用于門急診、住院患者和大規(guī)模人群篩查。

推薦意見2：

免疫功能正常、存在住院風(fēng)險的氣管支氣管炎成人患者。針對此類人群，建議采用多靶標(biāo)病原體核酸檢測技術(shù)明確病原，以縮短抗生素使用時間和患者住院時間。

推薦意見3：

建議對重癥社區(qū)獲得性肺炎患者同時進(jìn)行常規(guī)病原學(xué)檢查和核酸檢測，以提高病原體檢出率。

推薦意見4：

醫(yī)院獲得性肺炎和呼吸機相關(guān)肺炎患者，病原學(xué)診斷應(yīng)以傳統(tǒng)培養(yǎng)方法為主，必要時聯(lián)合采用多靶標(biāo)病原體核酸檢測，無需常規(guī)行mNGS，僅在患者存在免疫缺陷、3d內(nèi)未通過傳統(tǒng)微生物檢驗明確病原體且經(jīng)驗性抗感染治療無效時，考慮行以DNA測序為主的mNGS。

需根據(jù)疾病流行情況、患者病情嚴(yán)重程度、癥狀持續(xù)時間、合并癥情況、免疫抑制狀態(tài)評估結(jié)果、其他輔助檢查結(jié)果的可參考性以及對預(yù)后的初步評判，決定是否對疑似急性上呼吸道感染的上述患者進(jìn)行檢測。

新型冠狀病毒肺炎或流感大流行期間，快速分子檢測有助于預(yù)檢分診、縮短就診時間、減少傳染病傳播風(fēng)險；又如，當(dāng)患者免疫功能嚴(yán)重受損，同時疑似流感樣癥狀時，或者呼吸道病毒檢測可能會影響醫(yī)生抗病毒藥物或停用抗生素的決定時，需要對呼吸道病毒進(jìn)行檢測。

在流行風(fēng)險高的季節(jié)，高危人群（老年人、兒童、孕產(chǎn)婦、合并基礎(chǔ)疾病患者）進(jìn)行流感病毒檢測可能比經(jīng)驗性抗流感治療更經(jīng)濟。此外，快速的結(jié)果反饋（如2h內(nèi)即出結(jié)果的快速分子檢測）能夠縮短患者門急診就診時間，降低流感傳播風(fēng)險，有利于傳染病控制。

在流感病毒、新型冠狀病毒等大流行期間，門急診針對上述兩種病毒的抗原檢測或分子診斷技術(shù)有助于快速分診并指導(dǎo)隔離防控，避免院內(nèi)傳播，但前者敏感性低于后者。對于免疫功能正常且存在住院風(fēng)險的成人患者而言，盡快采用多重PCR技術(shù)明確病原，可能會縮短抗生素使用時間和住院時間，但兒童毛細(xì)支氣管炎患者并不推薦常規(guī)病毒檢測。

若懷疑為支原體、衣原體、軍團(tuán)菌、病毒等感染時，可采用血清特異性抗原、抗體檢測聯(lián)合核酸檢測和分離培養(yǎng)；實時熒光PCR、等溫擴增、數(shù)字PCR、高通量測序技術(shù)可同時檢測多種病原體，提供病原體分型、毒力基因和耐藥基因等深入分析。如果臨床傾向于RNA病毒感染，建議選擇RNA高通量測序。危重癥患者同時開展常規(guī)病原學(xué)檢查輔以病原體核酸檢測，兩者可相互補充，有利于快速準(zhǔn)確確定致病原，更好地服務(wù)于臨床。

對于有流行病學(xué)史、流感樣癥狀或病情嚴(yán)重需要住院治療的AECOPD患者，推薦盡早進(jìn)行流感病毒、新型冠狀病毒等呼吸道病毒的抗原和/或核酸檢測，核酸檢測的敏感性高于抗原檢測。 

免疫功能受損患者，發(fā)生下呼吸道感染時病原學(xué)構(gòu)成更加復(fù)雜，條件致病菌、少見病原體、混合感染發(fā)生的比例更高，此時患者病情更重、進(jìn)展更迅速。可考慮多種方法并行送檢，臨床常需積極開展涵蓋目標(biāo)病原體的多靶標(biāo)核酸檢測或 mNGS以盡早診斷致病病原體。